Tác phẩm chính của Ninh Tốn là bộ Chuyết Sơn thi tập (Tập thơ Chuyết Sơn), trong đó bao gồm cả tập Tây hộ mạn hứng. Đây là bộ sách do con cháu ông sưu tập, hiện chỉ còn 275 bài thơ và 7 bài gồm văn sách, phú, tựa, văn bia...Tất cả đều bằng chữ Hán. Phần lớn, chúng được sáng tác dưới thời Lê-Trịnh. Còn những sáng tác dưới thời Tây Sơn, theo nhóm tác giả sách Thơ văn Ninh Tốn, thì chắc mất mát nhiều, vì con cháu không dám lưu giữ.

Hiện ở Thư viện Hán Nôm (Hà Nội) còn giữ được 3 tập của ông, đó là:

• Chuyết Sơn thi tập, mang ký hiệu: A.1292.
• Chuyêt Sơn thi tập đại toàn, mang ký hiệu: A.1407.
• Tiền Lê tiến sĩ Ninh Tốn thi tập, mang ký hiệu: A.350.

Trong ba cuốn trên có nhiều bài trùng lập.

Năm 1984, một nhóm biên soạn (Hoàng Lê chủ biên) thuộc Viện Hán Nôm (Hà Nội) đã tuyển chọn ra 107 bài thơ và 1 bài tựa Hoa trình học bộ tự để in thành tác phẩm Thơ văn Ninh Tốn (Nhà xuất bản KHXH, Hà Nội, 1984).